Izvestiya of Saratov University.

Physics

ISSN 1817-3020 (Print)
ISSN 2542-193X (Online)


For citation:

Elkin P. M., Pulin V. F., Berezin V. I. System’s Analysis of Vibrational Spectra in Dimmers of 5X-Substituted Uracile. Izvestiya of Sarat. Univ. Physics. , 2013, vol. 13, iss. 2, pp. 39-45. DOI: 10.18500/1817-3020-2013-13-2-39-45

This is an open access article distributed under the terms of Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC-BY 4.0).
Full text:
(downloads: 105)
Language: 
Russian
Heading: 
UDC: 
539.193/.194;535/.33/34

System’s Analysis of Vibrational Spectra in Dimmers of 5X-Substituted Uracile

Autors: 
Elkin Pavel Mikhailovich, Saratov State Technical University named after Yuri Gagarin
Pulin Viktor Fedotovich, Saratov State Agrarian University named after N.I. Vavilov
Berezin Valentine Ivanovich, Saratov State University
Abstract: 

On based of method DFT/b3LYP for parameters of adiabatic potential for the substituted 5X-uraciles (X = CH3, NH2, F, Cl) the theory of characteristic vibration for monomers and dimmers for the regarded class biomolecules are constructed. The indications of spectral identification for dimmers with strong hydrogen bonds are revealed.

Reference: 
  1. Dobrowolski J. Cz., Rode J. E., Kobos R., Jamroz M., Bajdor K., Mazurik A. R. Ar-matrix IR spectra of 5-halogenuracil interpreted by DFT calculation // J. Phys. Chem. A 2005. Vol. 109. P. 2167–2182.
  2. Zhi-Guo Shang, Dor N. T., Wong Y. T., Tan Y. C., Ying B., Mo Y. J. A study of DFT and surface enhanced Raman scattering in silver colloids for thymine // J. Mol. Structure. 2007. Vol. 826. P. 64–67.
  3. Rastogi V. K., Palafox N. A., Guerrero-Martinez A., Tardajos G., Valts J. K., Kostova I., Shlukcer S., Kiefer W. FT-IR and Raman spectra, ab initio and density functional computations of the vibrational spectra, molecular geometry, atomic charges and some molecular properties of biomolecule 5-iodouracil // J. Mol. Structure. 2010. Vol. 940. P. 29–44.
  4. Prasad O., Sinha L., Kumar N. Theretical Raman and IR spectra of tegafur and comparison of molecular electrostatic potential surface, polarizability and hyer polarizability of tegafur with 5-fl uoro-uracil by density functional theory // J. At. Mol. Sci. 2010. Vol. 1, № 3. P. 201–214.
  5. Singh J. S. Rtir and Raman spectra and fundamental frequencies of 5-halosubstituted uracils // Specrtochim. Acta. 2012. Vol. 87A, № 2. P. 106–111.
  6. Sing J. S. Laser Raman and infra-red spectra of biomolecules : 5-aminouracil // Pram. J. of Physics. 2008. Vol. 70, № 3. P. 479–486.
  7. Элькин М. Д., Джалмухамбетова Е. А., Гречухина О. Н. Проявление межмолекулярного взаимодействия в димерах урацила // Изв. Сарат. ун-та. Нов. cер. Сер. Физика. 2008. Т. 8, вып. 2. С. 25–29.
  8. Эрман Е. А., Элькин М. Д., Равчеева Н. А., Лихтер А. М., Джалмухамбетова Е. А., Алыкова О. М. Структурно-динамические модели и колебательные спектры димеров хлорурацила // Естественные науки. 2012. № 2(39). С. 220–226.
  9. Элькин П. М., Эрман М. А., Карташов В. М. Математическое моделирование структуры и динамики димеров урацила и азаурацилов // Изв. Волгоград. гос. техн. ун-та. 2012. № 10(97). С. 55–62. 
  10. Эрман Е. А., Элькин П. М., Смирнов А. П. Математические модели и компьютерные технологии в молекулярном моделировании // Прикаспийский журнал : управление и высокие технологии. 2010. № 3(18). С. 126–130.
  11. Элькин М. Д., Пулин В. Ф., Осин А. Б. Математические модели в молекулярном моделировании // Изв. Сарат. гос. техн. ун-та. 2010. № 4(49). С. 36–39.
  12. Элькин М.Д., Бабков Л.М. Учет ангармонического смещения полос в модельных расчетах колебательных спектров димеров с водородной связью // Изв. Сарат. ун-та. Нов. сер. Сер. Физика. 2011. Т. 11, вып. 1. С. 20–25.
  13. Пулин В. Ф., Элькин М. Д., Березин В. И. Исследование динамики молекулярных соединений различных классов. Саратов : Изд-во Сарат. гос. техн. ун-та, 2002. 436 с.
  14. Frisch M. J., Trucks G. W., Schlegel H. B. et al. Gaussian 03. Revision B.03 / Gaussian Inc. Pittsburgh, 2003. 302 p.