Известия Саратовского университета.
ISSN 1817-3020 (Print)
ISSN 2542-193X (Online)


molecular modeling

Механизмы межмолекулярного взаимодействия митоксантрона с полиэлектролитными капсулами адресной доставки

Методами квантовохимического моделирования на основе теории функционала плотности исследуются механизмы межмолекулярного взаимодействия высокотоксичных лекарственных препаратов с веществами полиэлектролитных капсул адресной доставки. В качестве исследуемых объектов рассматриваются противоопухолевый лекарственный препарат митоксантрон и полимерные полиэлектролитные капсулы, состоящие из полиаргинина и декстран сульфата. Моделирование проводилось на основе расчета молекулярных структур и ИК спектров и анализа параметров образующихся водородных связей.

ИК спектры циклогексанола и структурно-динамическая модель молекулы

В диапазоне 600–3600 см–1 в широком интервале температур, в различных фазовых состояниях (пластическая фаза I, кристаллические фазы II и III) измерены ИК спектры циклогексанола.

Расчет структуры и ИК спектра молекулы 2,3-ди-о-нитро-метил-β-d-глюкопиранозида методом функционала плотности

Методом функционала плотности (B3LYP) в базисе 6-31G(d) построена структурно-динамическая модель молекулы 2,3-ди-О-нитро-метил-β-D-глюкопиранозида. Минимизирована энергия, рассчитаны структуры, дипольный момент, поляризуемость, частоты нормальных колебаний в гармоническом приближении и распределение интенсивности в ИК спектре молекулы. Дана интерпретация ИК спектра 2,3-ди-О-нитро-метил-β-D-глюкопиранозида, измеренного в диапазоне 600–3700 см-1 при комнатной температуре.

Молекулярное моделирование и колебательные спектры 4,4’-хлорбензофенона

При комнатной температуре измерены спектры инфракрасного поглощения и комбинационного рассеяния 4,4’-дихлорбензофенона в диапазонах 400–3200 и 0–3200 см−1 соответственно. Методом теории функционала плотности B3LYP/6-31+g(d) и 6-31- g(d) проведено моделирование структуры и колебательных спектров молекулы: рассчитаны минимальная энергия, геометрическая структура, составляющие дипольного момента и тензора поляризуемости, силовые постоянные и частоты нормальных колебаний в гармоническом приближении, их интенсивности в ИК спектре и активности в спектре КР.

Влияние водородной связи на ИК-спектры и структуру молекулярного комплекса алмазоподобных наночастиц и азотистых оснований ДНК

На основе молекулярного моделирования методом теории функционала плотности проанализировано влияние водород- ных связей на ИК-спектры и структуру молекулярного комплекса, образующегося при взаимодействии комплементарной пары азотистых оснований ДНК и алмазоподобных наночастиц. В качестве примера рассматривается взаимовлияние комплементарной пары аденин-тимин и адамантана, окружённого карбоксильными группами.

ИК спектры трифенилфосфита и их интерпретация на основе молекулярного моделирования

Измерены ИК спектры трифенилфосфита в жидкой фазе при температуре 320 К, стеклофазе, состоянии «глассиал», гексаго- нальной (метастабильной) и моноклинной (стабильной) кристаллических фазах – при 12 К. Обнаруженные отличия в спектрах есть следствие реализации в образце конформеров разных типов. Для обоснования этой гипотезы построены структурнодинамические модели трёх наиболее вероятных конформеров (I–III), различающихся углами поворота фенильных колец вокруг связей С-О.

Межмолекулярное взаимодействие в двухкомпонентных смесях наноалмазов и доксорубицина

На основе молекулярного моделирования по методу теории функционала плотности с функционалом B3LYP и базисным набором 6-31G(d) исследуется возможность адресной доставки и удержания высокотоксичных лекарственных препаратов в клетках за счёт образования водородных связей между ними и обогащёнными наноалмазами. На приме- ре доксорубицина и карбоксилированных наноалмазов было проанализировано влияние образующихся водородных связей на ИК-спектры и структуру молекулярного комплекса.

Колебательные спектры 2-бифенилметанола и их интерпретация на основе моделирования молекулы методом теории функционала плотности с учетом механического ангармонизма

В приближении гибридного функционала плотности B3LYP/6-31G(d) произведен расчет геометрии, электрооптических пара- метров, квартичного силового поля и колебательных спектров молекулы 2-бифенилметанола. Проведен колебательный анализ и дана полная интерпретация его спектров ИК поглощения (400-3800 см^(-1)) и комбинационного рассеяния (50-3600 см^(-1)).

ИК спектр метил-β-D-глюкопиранозида и его интерпретация на основе построения структурно-динамической модели молекулы

Методом функционала плотности (B3LYP) в базисах 6-31 G(d), 6-31+G (d, p) построены структурно-динамические модели молекулы метил-β-D-глюкопиранозида: минимизированы энергии, рассчитаны структуры, дипольные моменты, поляризуемости, частоты нормальных колебаний в гармоническом приближении и распределение интенсивности в ИК спектре молекулы, Дана интерпретация ИК спектра метил-β-D-глюкопиранозида, измеренного в диапазоне 400-3700 см^(-1) при комнатной температуре.

Влияние водородной связи на структуру и ИК спектр трифенилфосфита

Исследовано влияние водородной связи на структуру и ИК спектр трифенилфосфита. Работа продолжила проведенные ранее исследования влияния конформационных изменений молекулы на его ИК спектр. Измерены ИК спектры образцов в кристаллическом (моноклинная и гексагональная фазы), «глассиал», аморфном и жидком состояниях при температурах 12 и 320 К. Проведено моделирование Н-комплекса молекулы, представленного димером, методом теории функционала плотности B3LYP/6-31G(d).